La diversité des écosystèmes a favorisé une grande variété de la flore et de la faune au Togo.
La flore togolaise compte 3491 espèces terrestres et 261 espèces aquatiques représentant tous les groupes systématiques actuellement recensés sur le territoire national. Les Virus comptent 56 espèces, les Bactéries 55, les Cyanophycées 6, les Algues 295, les Champignons 190, 133 bryophytes, 114 Ptéridophytes, 13 Gymnospermes dont une seule spontanée. Les Angiospermes comptent 2990 espèces spontanées et cultivées dont les principales familles représentées sont les Poaceae, les Fabaceae, les Cyperaceae, les Rubiaceae et les Euphorbiaceae. Une seule espèce végétale, Phyllanthus rouxii (Euphorbiaceae) poussant sur les collines ferrugineuses au Nord de Bassar est signalée comme endémique. Plusieurs espèces sont menacées d’extinction ou sont en danger ou vulnérables.

La flore togolaise est cependant mal connue puisque plusieurs Embranchements n’ont fait l’objet d’aucune étude. Il s’agit des Lichens, des Champignons supérieurs, des Cyanophycées, des Algues etc.
En outre, l’inventaire de la faune togolaise a permis de recenser 3476 espèces dont 2312 espèces terrestres, 1146 aquatiques et 18 espèces terrestres domestiques (Mammifères, Oiseaux) ; On signale également que certaines espèces sauvages (3 Reptiles, 3 espèces de Poissons, 4 espèces de Mollusques) sont occasionnellement domestiquées.

Cette faune est constituée de Protozoaires (57 espèces), Cnidaires (17 espèces), Plathelminthes (24 espèces), Nématodes (11 espèces), Annelides (13 espèces), Crustacés (145 espèces), Insectes (1493 espèces), Myriapodes (43 espèces), Mollusques (177 espèces), Echinodermes (23 espèces), Amphibiens (39 espèces), Reptiles (156 espèces), poissons (342 espèces), Oiseaux (708 espèces), Mammifères (228 espèces).

Quatre espèces endémiques sont signalées au sein de la faune togolaise : parmi les invertébrés,  Un Mollusque, l’escargot géant (Achatina togoensis) dans le massif de l’Adélé ; parmi les vertébrés, 3 Amphibiens : Conraua derooi dans les forêts semi-décidues du Kloto (Région des Plateaux), Aubria subsubgillata à Kovié (Région Maritime), Bufo togoensis dans le Massif d’Adélé (Région Centrale).
Quatre espèces de tortues marines migratrices fréquentent les côtes togolaises  soit pour y pondre (Chelonia mydas, Lepidochelys  olivacea, Dermochelys coriacea) soit pour s’alimenter (Erethmochelys imbricata).

Les dauphins et les baleines sont également présents dans les eaux marines togolaises et s’y reproduisent. Dans certaines  mares, des crocodiles, des hippopotames, des lamantins, espèces protégées y sont recensées.

Mais cette diversité biologique très riche est malheureusement menacée progressivement d’extinction au Togo.

Quatre principales causes sont à la base de la perte de la diversité biologique au Togo. Il s’agit des causes anthropiques, les causes juridiques, les causes institutionnelles, les causes scientifiques.

a) Les principales causes anthropiques sont la croissance démographique, les pratiques traditionnelles de l’agriculture, les feux de brousse, la surexploitation des ressources biologiques, le braconnage, la destruction des habitats etc. De ces causes anthropiques, découlent des causes naturelles telles que les changements climatiques, l’envasement des cours d’eau, etc.

b) Sur le plan juridique, les causes de la perte de la diversité biologique sont : le caractère parfois inapproprié, les incohérences, l’insuffisance  et la non ou mauvaise application des textes, des lois et des réglementations relatifs à la gestion des ressources naturelles. 

c) Très peu d’agents qualifiés évoluent sur le terrain de la diversité biologique togolaise. Il est aussi regrettable de noter un manque de coordination et de synergie entre les services techniques existants dans les différents secteurs et dont les responsabilités sont mal définies.

d) Il existe des insuffisances dans la connaissance des éléments de la diversité biologique togolaise, mais aussi, une insuffisance des études d’impacts des projets de développement susceptibles d’affecter la biodiversité.

Pour résoudre cette perte accrue de la diversité biologique au Togo, plusieurs actions sont menées à la fois par les ONGs et par l’Etat pour promouvoir une conservation et gestion durable des ressources naturelles et promouvoir le développement durable. Mais les résultats de ces différentes initiatives semblent mitiger en raison de l’absence d’un cadre ouvert et démocratique d’échange d’information et de discussion. Au niveau des ONGs surtout, les actions sont isolées et les résultats des expériences ne sont pas partagés entre les différents intervenants.

Il n’existe pas non plus de cadre propice pour présenter les résultats probants des recherches sur la biodiversité, les résultats des actions de conservation, la diversité biologique au Togo, etc. Pour pallier à cette carence, l’ANCE a pris l’initiative de regrouper 16 acteurs (16) parmi lesquels les institutions des étatiques et de la société civile sur l’idée de la création d’un forum national sur la biodiversité.